Giống như các muối oxalat khác, natri oxalat độc đối với người. Nó có thể gây bỏng ở miệng, họng và dạ dày, nôn ra máu, đau đầu, chuột rút, co giật, hạ huyết áp, suy tim, sốc, hôn mê và có thể dẫn đến tử vong. Liều gây chết trung bình theo đường bụng là 10-15 gram (mỗi MSDS).

Natri oxalat, cũng như là natri xitrat, có thể được dùng để loại thải ion canxi (Ca2+) ra khỏi huyết thanh. Nó cũng ngăn máu vón cục. Ghi nhớ rằng bằng cách loại bỏ ion canxi khỏi máu, natri oxalat có thể làm suy yếu chức năng não, và để lại canxi oxalat ở thận (nguy cơ gây sỏi thận).